运行管护是高标准农田水利工程建设当中必不可少的，即使农田水利工程建设质量再高，如果没有正确、合理的管护，必然会面临迅速破败的境地，因此做好对农田水利工程的运行和管护非常重要。在这一环节当中，首先，政府部门要加大对农田水利工程的扶持力度，制定出科学、合理的运行管护定额和管护费用筹措办法；其次，尽快制定出符合农田水利建设实际情况的农田水利相关条例，条例当中要明确各级政府及广大群众对农田水利工程的责任及义务，对于农田水利工程的投入、管理及运行维护机制进行制定；再次，落实农民在农田水利工程当中的主体地位，调动起农民群众对农田水利工程的管理与维护积极性，实现对农田水利工程建设产权的改革。